ار.اف.ای ـــ سردار حسین دهقان، مشاور رهبر جمهوری اسلامی ایران و وزیر پیشین دفاع این کشور، ترور محسن فخری زاده چهرۀ کلیدی و مخفی برنامۀ اتمی ایران را به اسرائیل نسبت داد و گفت که این کشور به یاری دونالد ترامپ در پی برانگیختن یک جنگ با ایران است.
حسین دهقان سپس تهدید کرد که جمهوری اسلامی ایران انتقام سختی از اسرائیل خواهد گرفت. او گفت : “صهیونیست‌ها در واپسین روزهای عمر سیاسی متحد قمربازشان در پی تشدید و افزایش فشار بر ایران برای ایجاد یک جنگ تمام عیار هستند.”
حسین دهقان سپس تلویحاً گفت که جمهوری اسلامی ایران قصد ندارد فعلاً خود را درگیر چنین طرحی بکند. او گفت : “شب دراز است و قلندر بیدار! همچون صاعقه بر سر قاتلان” محسن فخری زاده “فرود خواهیم آمد.”
در پیامی جداگانه سرلشگر پاسدار محمد باقری، رئیس ستاد مشترک نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران، آمریکا و اسرائیل را عاملان ترور محسن فخری زاده خواند و گفت : “انتقامی سخت در انتظار آنها خواهد بود.” محمد باقری افزود : “اطمینان می دهیم تا تعقیب و مجازات عاملان این ترور از پای نخواهیم نشست.”
سرلشگر عبدالرحیم موسوی فرماندۀ ارتش جمهوری اسلامی ایران ترور محسن فخری‌زاده را به آمریکا و اسرائیل و همچنین سازمان مجاهدین خلق نسبت داد و افزود که جمهوری اسلامی ایران حق انتقام‌گیری را “در هر عرصۀ دیگری” را برای خود محفوظ می‌داند.
وزیر اطلاعات جمهوری اسلامی ایران، حجت الاسلام محمود دعایی، نیز با انتشار بیانیه‌ای اعلام کرد که “سربازان گمنام امام زمان شناسایی” عاملان ترور محسن فخری زاده را آغاز کرده و انتقام خون او را “از مسببان و هادیان” این ترور خواهند گرفت.
سرتیپ پاسدار محمدباقر قالیباف، رئیس مجلس شورای اسلامی، از نهادهای امنیتی و اطلاعاتی جمهوری اسلامی خواست تا اقدامات لازم را “برای شناسایی، دستگیری و اشد مجازات عوامل ترور” محسن فخری زاده به انجام برسانند. قالیباف سپس تأکید کرد که تنها انتقام‌گیری، هزینۀ سنگین این ترورها را به آمران و عاملان آنها می‌فهماند.
ابراهیم رئیسی، رئیس قوۀ قضائیه نیز دستگاه‌های اطلاعاتی و امنیتی و مراجع قضایی را موظف دانست که “در اسرع وقت کلیه دست اندرکاران این جنایت اعم از آمران، طراحان و مباشران” را “شناسایی، دستگیر و محاکمه کرده و به سزای اعمال شان برسانند.”
محمد جواد ظریف، وزیر امور خارجۀ جمهوری اسلامی ایران نیز در پیامی قتل محسن فخری زاده را به اسرائیل نسبت داد و از جامعۀ جهانی به ویژه اتحادیۀ اروپا خواست که به مواضع دو پهلوی خود در قبال اقدام‌های اسرائیل خاتمه دهند.
در سال ٢٠١٨ بنیامین نتانیاهو نخست وزیر اسرائیل در جریان نمایش اسناد اتمی ایران که سازمان موساد از این کشور ربوده و به اسرائیل منتقل کرده بوده در برابر تصویر بزرگ محسن فخری زاده ایستاد و گفت : “نام او را به خاطر بسپارید!” او مغز برنامۀ مخفی اتمی ایران برای دستیابی به سلاح هسته‌ای است.